L’équilibre institutionnel existant entre les différents organes de l’Union européenne n’est aucunement un calque du principe « traditionnel » de la séparation des pouvoirs. Même si, à certains égards, il est possible d’établir des parallèles entre ces deux formes d’organisation de l’exercice du pouvoir, l’architecture des deux ordres juridiques dans lesquels se déploient leurs effets est différente. La structure de l’Union, inspirée par le modèle du « fédéralisme exécutif » allemand peut s’avérer incompatible avec la mise en œuvre du principe horizontal de séparation des pouvoirs déduit de l’article 20, alinéa 2 LF. En effet, les modes de légitimation des organes de l’Union, ainsi que leur fonctionnement, leurs processus décisionnels, troublent la configuration constitutionnelle du principe de séparation allemand. Le poids décisionnel des organes de coloration exécutive de l’Union semble accorder, dans ce système « multi-niveaux », une place prépondérante au pouvoir exécutif national qui peut, dans certaines hypothèses, être mieux placé afin de participer à la formation de la volonté politique des instances supranationales. Cette place tend à concurrencer et, parfois, à diminuer l’importance du Parlement national, « donateur de légitimité démocratique directe ».  La primauté des organes exécutifs n’est pas en complète harmonie avec l’équilibre organique interne. Afin de garantir, par le biais du respect du principe démocratique, le rôle que doit jouer le Bundestag dans le processus d’intégration européenne, la Cour constitutionnelle fédérale d’Allemagne n’hésite pas à reconnaître un recours individuel tendant à protéger le niveau de légitimité du Parlement basé sur une nouvelle lecture de l’article 38 LF en institutant de cette façon un « droit individuel à la démocratie ». La protection du Bundestag et des compétences, qui lui sont constitutionnellement attribuées, par l’action de citoyens isolés devient ainsi possible. Par l’examen du degré de légitimité démocratique, c’est la répartition interne entre les organes invesis des trois pouvoirs qui peut être finalement garanti, car, enfin, il bénéficie de l’égide déployé par le principe démocratique.